На заключительную сессию Собора 6-7 сентября 2008 года, проходившую в помещении, используемом для богослужений московской общиной во имя священномученика и просветителя Александра Меня, прибыли архиереи, клирики и миряне - представители общин АПЦ.

6 сентября после Божественной Литургии заключительная сессия Собора открылась докладом митрополита Виталия о развитии АПЦ. Собор одобрил служение митрополита Виталия как Предстоятеля Церкви и перешел к повестке дня.

На проходивших в течение года предыдущих сессиях Собора были разработаны и обсуждены проекты документов, регламентирующих основные стороны жизни АПЦ: Исповедание веры АПЦ, Каноны АПЦ, Устав для общин, декреты о литургической реформе, об экуменизме, о социальной концепции и др. После долгих дебатов и обсуждения критических замечаний, 6 сентября были в целом приняты все предлагаемые проекты. Редакционной группе при Священном Синоде АПЦ было поручено подготовить материалы Собора к публикации до конца 2008 года.

Важнейшим событием Собора стало прославление в лике святых архиепископа Ермогена (Голубева), святителя и исповедника, которое свершилось за Божественной Литургией в воскресенье, 7 сентября. Секретарь Священного Синода АПЦ, протопресвитер Глеб Якунин зачитал решение Священного Синода о канонизации, рассказал участникам Собора о жизненном пути святого, который в годы советских гонений на Церковь достойно нес свое архипастырское служение, после чего Собором было принято единодушное решение о прославлении в лике святых святителя и исповедника Ермогена.

В этот же день был заслушан доклад мирянина АПЦ Льва Регельсона на тему: «Вечное и временное в церковных канонах», а митрополит Киевский Виктор выступил с блистательной проповедью о православном вероучении и ответил на вопросы.

Собор завершился молитвой перед образом новопрославленного святителя и исповедника Ермогена, а также молебном о мире на Кавказе и во всем мире.